Ayasofya’nın tekrar camiye dönüştürülmesi, müze olmaktan çıkarılması yeniden gündeme geldi. Ayasofya, 1934 yılında müzeye dönüştürülmüştü. TC Başvekalet Kararlar Müdürlüğü’nün 24 Kasım 1934 tarih ve 2/1589 sayılı kararnamesi şu şekildeydi:
 
“Maarif Vekilliğinden yazılan 14/11/934 tarih ve 94041 sayılı tezkerede; Eşsiz bir mimarlık sanat abidesi olan İstanbul’daki Ayasofya camiinin tarihi vaziyeti itibarile müzeye çevrilmesi bütün Şark alemini sevindireceği ve insanlığa yeni bir ilim müessesesi kazandıracağı cihetle bunun müzeye çevrilmesi, çevresindeki evkafa (vakıflara) ait dükkanların yıktırılması ve diğerlerinin de evkafça istimlak edilmesi suretile güzelleştirilmesi ve tamiri ve daimi muhafazası masraflarına karşılık ta evkafça bu sene ve gelecek seneler bütçelerinden muayyen bir para ayrılması hakkında bir karar ittihazı (alınması) istenilmiş ve Evkaf Umum Müdürlüğünden yazılan 7/11/934 tarih ve 153197/107 sayılı mütaleanamede (rapor), bu camiin Bizanslılardan kalma bir eser olması hasebile hiçbir vakfı olmadığı ve her ne kadar cami olduktan sonra Sultanlar ve Halk tarafından bazı gelirler bağlanmışsa da bunlardan aşar olarak bağlanan sultan gelirlerinin kaldırılmış olduğu ve halk tarafından bağlanan gelirler ise Kuran okumak ve buna benzer belli ve nerede olursa olsun yapılabilir dini emekler için olup müzeye çevrilmesi ve korunması verilecek bir geliri bulunmadığı ve şimdiye kadar tamiri, gelirine bakmadan diğer vakıflarla bir arada yapılagelmekte olan bu bina cami olmaktan çıkınca artık buna da imkan kalmayacağı ve bütçelerinin bu günkü herhangi bir yardıma da yol bırakmamakta olduğu ve çevresindeki yapılardan evkafa ait olanları yıkmak ve kaldırmak elden gelirse de ötekine berikine ait olanların evkafça satın alınmasına imkan bulunmadığı bildirilmiştir. 
 
Bu iş İcra Vekilleri Heyetince 24/11/934’te görüşülerek, camiin çevresindeki evkafa ait binaların Evkaf Umum Müdürlüğünce yıktırılarak tamir ve muhafaza masrafları da Maarif Vekilliğince verilmek suretile Ayasofya camiinin müzeye çevrilmesi tasvip ve kabul olunmuştur”.
 
Kararnamenin altında Cumhurbaşkanı Atatürk’ün yanı sıra Başbakan İsmet İnönü ve Bakanlar Kurulu üyelerinin imzalar bulunmaktadır. 
 
Aslında hikayenin biraz daha öncesi var. O da dönemin Türkiye’sinde bilimsel faaliyetler, tarih ve arkeoloji gibi alanlar öne çıkmaktadır. Bu dönemde Ayasofya’ya bakışın dinsel olmaktan çok tarihsel ve bilimsel olduğuna dikkat çekmek gerekir. 7 Haziran 1931 tarihli bir kararname ile ABD’nin Boston şehrinde bulunan The Byzantine Institute adlı bilimsel kuruluşun müdürü T. Whittmore isimli kişinin İstanbul Müzesi uzmanlarından birinin gözetimi ve denetimi altında Ayasofya Camiinin sıvaları altındaki mozaiklerin meydana çıkarılması ve inceleme yapılması için Maarif Vekaletinin isteği doğrultusunda izin verilmişti.  
 
Yine Ayasofya’nın avlusunda İstanbul Alman Asarı Atika (Eski Eserler/Arkeoloji) Enstitüsü Müdürü Sehede’nin bazı yerleri kazması Maarif Vekaletinden istekte bulunulmuştu. Talep müze olmadan önce yapılmış, kararname müze olduktan sonra çıkmıştı (29 Aralık 1934). 
 
Ayasofya müze olduktan sonra da 1936 yazında mozaiklerin ortaya çıkarılması işine yardım etmek üzere Fransız Arkeoloji Enstitüsü’nden ve Beyaz Ruslardan Boris Erustof’un Türkiye’ye gelmesine izin verildi. 
 
1935 yılında ise müzeye 6 bekçi tahsis edildi. Gerekçede “tarihi anıtlarımızdan Ayasofya’nın korunması” ifadesi yer alıyordu. Gerçekten de Ayasofya’nın “bize ait” olarak tanımlanması ve “tarihi anıtlarımızdan” denilmesi son derece dikkat çekicidir. 
 
Sami Boyar (Ayasofya müze müdürü), Türkiye’nin yurt dışında tanıtımı için çıkarılan La Turquie Kemaliste dergisine yazdığı “Aya Sophia” adlı yazıda (1941), Ayasofya’nın 915 yıl boyunca Bizans kilisesi, 482 yıl boyunca da Müslüman Camii olarak hizmet verdiğini ve 1935’te Atatürk’ün emriyle müzeye dönüştürüldüğünü belirterek, yeni bir arkeolojik çalışma döneminin başladığına vurgu yapmaktaydı. 
 
Aslında yapılan Cumhuriyetin laik bir toplum inşa etme sürecinin bir parçasıydı. Dinselliğin yerini bilimsellik ve pozitif düşünce alıyordu. Ülkenin bütün tarihsel mirasına sahip çıkılıyordu. Bu, Batı dünyasıyla dostluk köprüsü kurmanın, insanlık ailesinin saygın bir üyesi olma isteğinin de bir yansımasıydı. Buna Yunanistan ile kurulan iyi ilişkileri de eklemek gerekir. Nitekim bu kapsamda 1935 yılında Yunan Kralı’nın marşındaki “İstanbul ve Ayasofya’yı alacağız” ibaresinin çıkarılması gündeme gelmişti. 
 
Ayasofya’nın camiden müzeye dönüştürülmesi övgülerin yanı sıra bazı eleştiri de almıştı. Mısır’da yayınlanan El-Risale adlı dergide Mekke’den Ali Tantavi imzasıyla gönderilen Ayasofya adlı bir yazı yayınlandı (1935). Türk Dışişleri Bakanlığının da yakından takip ettiği ve Türkçeye aktardığı yazı, günümüzdeki İslamcıların söylemlerinden çok da farklı değildir. Türkleri Ayasofya camiini “tevhid”in (Allah’ın varlığına inanmak) elinden alıp “şirk”e (Allah’a ortak koşmak) teslim etmekle suçlamıştır. Türklerin aslında şeref ve soyluluğunun olmadığını, ancak Müslüman olduktan sonra bir şeref kazandıklarını ama Müslümanlıktan uzaklaşınca övünülecek bir meziyetlerinin kalmadığını belirtmekteydi. Tantavi’ye göre laik Türkiye, Müslümanlıktan uzaklaşmıştı. 
 
Tantavi’ye karşı çıkan Arap aydınları da vardı:
“Ali Tantavi’nin Mekke’den avukatlığını yapmak istediği İslamiyet şekli, Müslüman milletlere bugünkü dünyada hiçbir hayır ve menfaat temin edememiştir. Bilakis onları ecnebi milletler elinde esir ve zelil (aşağılanmış) bırakmıştır. Halbuki Atatürk’ün ve bugünkü Türklerin İslamiyeti müstakil ve kuvvetli bir Türkiye meydana getirmiştir. Bize ve bütün Müslüman Şarka böyle bir İslamiyet lazımdır. Ali Tantavi, Mekke’den ne kadar haykırırsa haykırsın, biz onun İslamiyetini değil, Atatürk’ün İslamiyetini tercih ederiz. Bize de Cenabı Hakkın bir Atatürk nasib etmesini dileriz”… 
 
Demokrat Parti, 1950’de iktidara geldikten sonra Ayasofya’nın tekrar cami olarak kullanılmasına ilişkin talepler de gündeme geldi. Bu taleplere yol açan nedenlerden biri de ezanın tekrar Arapça okunabilmesine imkan sağlanmasıydı. Başbakan Adnan Menderes’e 30 Eylül 1950 tarihinde Halit Demiryumruk (Kartal-Yunus istasyon makasçısı) tarafından gönderilen dilekçede, ezanın tekrar Arapça okunmasını sağlamasından cesaret alarak Ayasofya’nın da tekrar camii olarak ibadete açılmasını istenmekteydi. 
 
70 yıl sonra aynı talebin sıklıkla ve daha güçlü bir şekilde dile getirildiği görülmektedir. 1934’te Ayasofya’nın müzeye çevrilmesinin tarihsel ve bilimsel nedenleri ortadadır. Bunları yok sayarak müzeyi tekrar camiye çevirmek elbette iktidarın elindedir. Ancak şunu söylemek gerekir ki, kilisenin camiye çevrilmesini “kılıç hakkı” olarak tanımlamak bugünün dünyası için geçerli olmasa gerektir. Bu ortaçağ düşüncesidir. Atatürk, 1923’te yeni Türkiye’nin cihangir (fetihçi, savaşçı) bir devlet olmayacağını, bir iktisat (ekonomi) devleti olacağını söylemişti. Osmanlı ile tarihsel sürekliliğin yanı sıra bu noktada kopuşa da dikkat çekmekteydi. Gerçekten de uzun savaş yıllarının yarattığı tahribat neticesinde Anadolu Türklüğünün yok olmak üzere olduğunu, 10 milyonluk nüfusun da hastalıklardan kırıldığını hatırlatmak isterim. Bugünkü 80 milyonluk Türkiye, Cumhuriyetin yarattığı barış ortamının ürünüdür. 
 
Cumhurbaşkanı Erdoğan, Ekim 2017’de şu cümleyi haklı olarak ifade etmişti: “Biz İstanbul'un kıymetini bilmedik. Biz bu şehre ihanet ettik. Hala da ihanet ediyoruz. Ben de bundan sorumluyum”. İstanbul’a da ve Ayasofya’ya da ihanet etmeyelim. Tarihsel mirasımıza sahip çıkalım.