Amasya Genelgesi, Türk Kurtuluş Savaşı’nın başlangıcında durum tespitinin yapıldığı, stratejisinin belirlendiği, hedeflerin ortaya konduğu ve ulusal egemenlik ilkesinin ilk kez dile getirildiği bir siyasal belgedir. Bazılarının iddia ettiğinin aksine Türk Kurtuluş Savaşı bir “devlet operasyonu” değildir, Amasya Genelgesi, bir avuç Türk subayının işgaller karşısında sessiz kalan kendi devletlerine (Padişah ve Hükümetine, Vahdettin ve Damat Ferit’e…) meydan okuyarak “ihtilal beyannamesi” ile işe giriştiklerinin açık bir göstergesidir. Mevcut sistem, popüler deyimle müesses nizam (iktidar, hükümet), vatanı ve devleti koruyamıyorsa meşruiyetini milletten alan bir takım vatanseverler/idealistler yola çıkarlar ve mücadeleye girişirler. Türk tarihinde, devletin çaresiz kaldığı zamanlarda devletten bağımsız hareket eden ama devleti kurtaran ya da bunun için mücadeleye girişen kahramanlara ilişkin başka örnekler de mevcuttur (Çin egemenliği karşısında İkinci Göktürk Devletinin kuruluşu, Moğol istilası karşısında çaresiz kalan Selçuklunun yerini beyliklerin doldurması ve Osmanlı’nın kuruluşu…). Atatürk ve arkadaşlarının giriştiği mücadele bunun son örneğidir.
Samsun’a çıkıştan bir ay kadar sonra, 21-22 Haziran 1919 tarihinde Amasya'da Mustafa Kemal Paşa, Rauf Bey (Orbay), Ali Fuat Paşa (Cebesoy) ve Refet Bey (Bele) tarafından imzalanan ve Kâzım Karabekir ve Mersinli Cemal Paşaların da uzaktan (telgrafla) onayladığı genelgenin temel maddeleri şöyle idi:
Genelge bir durum tespitiyle konuya girmektedir. "Vatanın tamamiyeti, milletin istiklâli tehlikededir" ifadesi ihtilal beyannamesine neden gerek duyulduğunu ortaya koymaktadır. İstanbul Hükümetinin, İtilaf Devletleri'nin denetimi altında olması nedeniyle sorumluluklarını yerine getiremediği ve bu durumun Türk milletini yok olmuş gibi gösterdiği ileri sürülmektedir. Dikkat çekici olan burada ihanetin dile getirilmemesi, işgal kuvvetlerinin baskısı dile getirilerek İstanbul Hükümetinin sahip olduğu gücün ileri süreçte Anadolu’ya geçmesi noktasında bir meşruiyet yaratılmaktadır.
Amasya Genelgesi, devrimci bir niteliğe de sahiptir. Bunun en tipik göstergesi "Milletin istiklâlini yine milletin azmi ve kararı kurtaracaktır" cümlesinde karşılık bulmaktadır. Kurtuluş umudunu Padişah ve hükümetinden, İstanbul’daki müesses nizamdan beklememekte; milletin bizzat kaderini eline alarak bunu gerçekleştireceğini belirtmektedir. Bu, sonraki süreçte gelecek yeni rejimin, ulusal egemenlik anlayışının habercisi gibidir.
Beyannamede milletin haklarını dünyaya duyurmak için her türlü denetimden/baskıdan (İtilaf devletlerinin) uzak bir "heyet-i milliye"nin (ulusal bir kurul) oluşturulması gerektiği vurgulanmaktadır. Dolayısıyla şüphesiz bu bir icra organıdır, bir geçici hükümettir. Nitekim Erzurum ve Sivas kongrelerinde oluşturulan Heyet-i Temsiliye buna karşılık gelmektedir. Diğer taraftan bu geçicilik, Birinci Meclis ile (23 Nisan 1920) kalıcı hale gelmiştir.
Amasya Genelgesi, vatanın bütünlüğünün ve milletin bağımsızlığının sağlanması için bir kongresinin toplanmasını zorunlu görmekteydi. Nitekim bu Anadolu’nun en güvenli yerlerinden biri olan Sivas’ta iki buçuk ay kadar sonra toplanacak olan Sivas Kongresi’dir (4 Eylül 1919). Kongre için her sancaktan milletin güvenini kazanmış üç delegenin seçilerek yola çıkarılması istenmişti. Ancak İstanbul Hükümetinin ve İtilaf devletlerinin baskısı kongreye katılımı sınırlı tutmuş ama alınan kararların bir dönüm noktasını engelleyememişti.
Amasya Genelgesini imzalayanlar askeri bürokrasinin seçkin bir kanadını temsil ediyorlardı. Anadolu’nun her bir yanında yer başlayan işgaller, Mondros’un imzalanması sonrasında başlangıçta oluşan iyimser havayı dağıtmış, Sevr’in habercisi olduğunu göstermişti. İşte bu nedenle askeri ve milli örgütlenmelerin (müdafaa-i hukuk örgütlenmelerinin) her ne olursa olsun dağıtılmayacağı, silah ve cephanenin elden çıkarılmaması/teslim edilmemesi kararı alınmıştı.
Amasya Genelgesi, İstanbul Hükümetinin aczini ortaya koyarak, mevcut düzene başkaldırmaktadır. Dolayısıyla meşruiyetini vatanının bütünlüğünü ve milletin bağımsızlığını koruyamayan hükümetin bu durumundan almakta ve onun yerini almaya yönelmektedir. Genelge, Misak-ı Milli öncesinde ilk stratejik belge olarak tüm dünyaya bağımsızlık elde edilene kadar savaşılacağını duyurmaktadır. Üstelik burada hem işgalci güçlere hem de onların işgaline sessiz kalan Padişah ve Hükümetine de bir meydan okuma söz konusudur. Bu noktada Türk Kurtuluş Savaşı hem işgalci güçlere karşı bağımsızlık hem de Padişah ve Hükümetinin mutlak monarşisine karşı ulusal egemenlik mücadelesi vermek söz konusudur. Mücadele iki yönlüdür.
Genelgede yer alan "Milletin azmi ve kararı" ifadesi, Birinci Meclis’te ve 1921 Anayasasında karşılığını bulan "Egemenlik kayıtsız şartsız milletindir" ilkesinin başlangıç noktasıdır. Türk Kurtuluş Savaşı’nın programı niteliğinde olan Genelge, mücadelenin vatının bütünlüğü için yapılacağını, bunun milletle ve milletin azmine dayanarak başarılacağını belirtmektedir. Üstelik bu mücadele demokratik ilkeler çerçevesinde yapılmaktadır. Padişah Vahdettin, parlamentoyu feshederek meşruti monarşiyi mutlak monarşiye dönüştürürken Anadolu’daki direniş hareketi, meşruiyetini milletten, ulusal egemenlikten almaktadır. Bu çerçevede Sivas Kongresi’ne katılacak olan delegelerin Müdafaa-i Hukuk cemiyetleri ve belediyeler tarafından, halkın güvenini kazanmış kişiler arasından seçilmesi istendi. Atatürk’ün gösterdiği çaba kongreler döneminden itibaren ve Birinci Meclis’te de yürütülen mücadelenin halk iradesine dayandığını açıkça ortaya koymaktadır. Atatürk'ün mücadeleyi en başından itibaren halk iradesine dayandırma çabasını gösterir. Diğer taraftan Genelge, ulusal ölçekte Mondros sonrasında oluşan teslimiyetçi anlayışı, işgalleri ve İtilaf devletlerinin baskılarını reddetmektedir.
Amasya Genelgesi sonrasında Atatürk’ün İstanbul’a gönderdiği mesajlarda belirttiği "İstanbul'un Anadolu'ya hâkim değil, tâbi olması gerektiği" ifadesi, başlangıçta bir temenniyi ifade etse de kısa süre sonra bir gerçeğe dönüştü. Sonuçta Amasya Genelgesi, sadece İtilaf devletlerine karşı bir savaş çağrısı değildir, aynı zamanda milli egemenliğe dayalı yeni bir Türk devleti kurmanın/Cumhuriyetin habercisi olan belgedir. İlan edildiği 21 Haziran tarihi, kuzey yarımküre için en uzun gündür; bu Türk milleti açısından da aydınlık bir tarihin başlangıcı olacaktır. Bugün açısından da Türk milletinin kaderini kimsenin eline bırakmadan, kendi başının çaresine bakması gerektiğinin ve kendi başının çaresine bakabileceğinin bir göstergesidir.